До 1000 лет растут можжевельники семейства кипарисовых. Они очень неприхотливы, встречаются до высоты 4000 м над ур. м., хорошо переносят морозы и засухи. Темно-зеленые пятна их зарослей хорошо выделяются на фоне каменных осыпей и светло-зеленой травянистой растительности. Особенно красивы ландшафты с можжевельником зимой. На территории Национального парка произрастает три вида можжевельника: стелющийся, длиннохвойный и казацкий. Они отличаются от других кипарисовых своими сочными шишками, мясистые чешуи которых срастаются между собой, образуя шарообразную форму, называемую шишкоягодой. Они используются в народной медицине как дезинфицирующее средство. Шишкоягоды содержат эфирное масло, сахара (фруктозу и глюкозу), органические кислоты, воск, смолу. Мощная корневая система не только способствует снабжению можжевельника влагой и питательными веществами, но и прочно удерживает растение в грунте, предотвращает водную и ветровую эрозию почв на склонах. Произрастая обычно на малопродуктивных почвах, эти растения способствуют повышению их плодородия, так как опавшая хвоя быстро сгнивает, образуя нейтральный гумус.

Каждый знаком с ароматами леса, густо напоенными хвоей и смолой. Здесь в воздухе содержатся особые вещества - фитонциды (в переводе на русский язык - растительные губители). Один гектар соснового леса выделяет в сутки 5 кг этих летучих веществ, а можжевельника - 30 кг. В сосновом лесу воздух практически стерилен. Выделяемые сосной фитонциды подавляют возбудителей туберкулеза, брюшного тифа, дифтерита и других тяжелых болезней. В небольших дозах они благотворно влияют на сердечно-сосудистую систему, а в высоких концентрациях могут ее угнетать. Один гектар леса за час поглощает 8 кг углекислого газа, который выделяют за это же время 200 человек, а за год поглощает 9,4 т углекислого газа и выделяет 7,3 т кислорода.

Второй тип - березняки травянистые - распространен в зоне Главного и Бокового хребтов на высоте 1700-2000 м. ниже березового криволесья, на менее крутых склонах в 20-24°. Иногда этот тип леса можно встретить на более пологих участках, на дне ущелий, вдоль рек. В составе березняков травянистых преобладает береза, есть значительная примесь рябины, ольхи серой, ивы козьей и серой, черемухи. Предельный возраст этого типа леса 60-70 лет, высота не превышает 12-14 м, диаметр деревьев - 24 см.

Вершина Шхельда

В описанных поясах выделено наибольшее количество эндемичных видов растений: в субальпийском - 21 вид, в альпийском - 7 эндемиков, одновременно в субнивальном и альпийском - 22, в альпийском и субальпийском - общих для них 33 вида: 19 видов являются общими для всех трех поясов. Некоторые виды, называемые узкорегиональными эндемиками, встречаются только в определенных местах: колокольчик Нефедова - в районе минеральных источников Джилы-Су: нут балкарский - на осыпных склонах в окрестностях пос. Эльбрус: подмаренник эльбрусский - выше пос. Эльбрус в Баксанской долине: шиповник балкарский - в долине реки Адыл-Су.

Характерной особенностью горных районов является вертикальная ландшафтная поясность, обусловленная преимущественно климатом на разных высотах над уровнем моря. Эльбрус, имея на своих вершинах сплошную фирновую и ледяную шапку, служит могучим холодильником, иссушающим свои окрестности. Поэтому в Приэльбрусье не растут ель и пихта, любящие влагу.

Основными поясными видами растительности на территории Национального парка являются нивальный, субнивальный, альпийский, субальпийский, горно-лесной и горно-степной. Преобладающий тип растительного покрова луга.

Нивальный пояс на высоте 3400-3500 м над ур. м. покрыт ледниками и вечными снегами. Это своеобразная Арктика и Антарктида, лишь на осыпях и отвесных скалах - колонии представителей лишайников и некоторых видов бактерий.

Субнивальный пояс на высоте от 3000 до 3400-3500 м. Граница этого пояса неровная, например, в долине Азау она снижается до 2700 м над ур. м. Почвы здесь примитивные, щебнистые, не сформированные.