Экспедиции Пржевальского и других русских путешественников в Центральную Азию обычно быстро проходили пограничные окраинные районы, почти не затрагивая их своими исследованиями. В числе таких районов был и Алтай.
Систематическое изучение горного Алтая было начато только В. В. Сапожниковым. Профессор Томского университета, «крупнейший ученый и блестящий исследователь», ученик К. А. Тимирязева, он начал свои работы по Алтаю в 1895 г. Первоначальной целью путешествия было изучение растительности, но с первых же шагов В. В. убедился, что общегеографическая неизученность Алтая не позволяет ему ограничить себя рамками ботанических изысканий.
В этот период господствовало мнение о слабом оледенении Алтая; достаточно сказать, что до его экспедиции было известно только два ледника Белухи: на южном и юго-западном склонах. Важнейшим результатом рекогносцировочной экспедиции 1895 г., охватившей большой район, был вывод о значительном оледенении Алтая. Посетив Катунский и Барельский ледники и обнаружив, что они значительно больше, чем предполагалось, В. В. Сапожников, здесь же, близ Катунского ледника, открыл ледник Черный и несколько мелких ледников в истоках Канчала. По всему своему маршруту, более 1 000 км вьючного пути, собирал он богатейший гербарий и сделал около 150 определений высот. Книга «По Алтаю», составившая первую часть изданного сейчас труда Сапожникова, написана ярко и красочно. Отметим, что сам автор особенно любил ее, выражая сожаление, что впоследствии перешел к более строгому научному стилю изложения.
Основным районом работ 1897—1899 гг. были Белуха и центральная часть Чуйского хребта. Составленные В. В. Сапожниковым карты показали, что здесь имеются не отдельные небольшие ледники, а десятки их; высоты оказались также совсем иными, чем полагали ранее; так выяснилось, например, что Белуха на 1 200 м выше. Написанная ученым книга «Катунь и ее истоки» включена в нынешнее издание как ее 2-я и 3-я части.
После исследования Русского Алтая, В. В. Сапожников в 1902 и 1904 гг. предпринял ряд экспедиций в Семиречье и Тянь-шань. Несмотря на то, что к этому времени плеяда выдающихся путешественников посетила Тянь-шань (Семенов, Северцов и др.), В. В. Сапожников и здесь сделал ряд интересных общегеографических открытий, особенно в Джунгарском Ала-тау.
В 1905 г. начались едва ли не самые интересные экспедиции В. В. Сапожникова по Монгольскому Алтаю, продолжавшиеся с перерывами до 1909 г. Монгольский Алтай почти не был известен. Г. Н. Потанин и П. К. Козлов лишь пересекали его или проходили у подножий; здесь не было известно ни одного ледника.
Первое же путешествие привело к открытию мощного оледенения в истоках Цаган-гола. Результаты работ, изложенные в книге «Монгольский Алтай в истоках Иртыша и Кобдо», составили 4-ю часть нового советского издания. Академик В. Л. Комаров писал: «Книга эта является бесспорно одной из наиболее выдающихся новинок в географической литературе последнего времени и заслуживает награждения большой золотой медалью». (За свою работу В. В. Сапожников был удостоен золотой медали П. П. Семенова).