И. К. Кирилов умер, не оставив своей семье ничего, кроме долгов. 30 апреля 1737 г. вдова его, Ульяна Петровна Кирилова, обратилась в Кабинет министров с просьбой выяснить возможность погашения долгов ее мужа за счет принятия в казну принадлежавших ему пильных мельниц и масляных заводов, «а ей на пропитание с детьми оставить хоть одну деревнишку и двор» [43, т. 117, стр. 280].
В 1749 г. по распоряжению Мануфактур-коллегии были проданы за бесценок заводы и принадлежавшая Кирилову в Мценском уезде деревня. Заводы, стоившие не менее 30 000 руб., и деревня с 2000 десятинами земли были куплены графом Шуваловым за 1656 руб. Этих денег не хватило для покрытия задолженности Кирилова, и она продолжала числиться за его наследниками.
В 1762 г. Сенат обратился с ходатайством к Екатерине II о пожаловании генерал-гевальдигеру Петру Ивановичу, сыну И. К. Кирилова, 10 000 руб. для оплаты части числившихся на нем долгов его отца, и в частности 7591 руб. 19 коп. (вместе с процентами), принадлежавших генерал-майору Боуру и взятых И. К. Кириловым из Коммерц-коллегии в 1727—1728 гг. Свое ходатайство Сенат обосновывал тем, что отец П. И. Кирилова, статский советник Иван Кирилов, построив г. Оренбург, оказал «знатную услугу отечеству» и положил начало «к распространению Российского государства, и к защищению подданных, и к приведению вновь в подданство разных народов [45, т. 9, стр. 293—294]. Ходатайство Сената было удовлетворено, однако большая часть задолженности И. К. Кирилова осталась непогашенной, и лишь в 1764 г. по указу Екатерины II с бригадира Петра Кирилова были сняты казенные долги его отца и ему было пожаловано 20 000 руб. на оплату партикулярных долгов, «дабы, — говорилось в указе, — услуга отечеству без достойного воздеяния не осталась, а он, Кирилов, в конец не остался разоренным».
П. И. Кирилов, по-видимому, единственный сын И. К. Кирилова, умер 7 октября 1809 г., на 73-м году жизни. Он имел двух сыновей и одну дочь.
3 мая 1824 г. дочь П. И. Кирилова Аграфена Петровна Кирилова поместила в «Московских ведомостях» следующее объявление: «Оставшись единственною наследницею после покойного брата моего, генерал-майора Павла Петровича Кирилова, прошу тех, кои ему должны или он кому, отнестись письменно ко мне». Далее следовал адрес А. П. Кириловой. А. П. Кирилова умерла в 1850 г., и на ней прекратился род И. К. Кирилова.
Выходец из сословных низов, достигший высокого служебного положения благодаря своим способностям и уму, получивший возможность во время службы в Сенате близко соприкасаться с деятельностью Петра I, Кирилов сделался горячим сторонником широких преобразовательных планов царя, направленных на укрепление политической и экономической мощи созданной им чиновничье-дворянской империи. Политические планы Кирилова, отличавшиеся характерными для петровской эпохи широтой и смелостью замысла, далеко превосходили возможности его времени и получили свое осуществление значительно позднее. Что же касается его планов в области экономики, то некоторые из них ему удалось осуществить еще при жизни. Проведением таких мероприятий, как разведка полезных ископаемых, постройка горных заводов, развитие промыслов, торговли и земледелия, Кирилов положил начало освоению экономических ресурсов и использованию природных богатств Башкирии и таким образом содействовал росту и развитию ее производительных сил.
Политическая деятельность И. К. Кирилова, охватывающая лишь 3—4 последних года его жизни, далеко не имеет того значения, которое представляет его деятельность в области науки и просвещения. Своим участием в деле организации Дальневосточных экспедиций и своими трудами по проведению топографических съемок и картографирования страны И. К. Кирилов внес ценный вклад в историю русской географии вообще и русской картографии в частности. Генеральная карта России и предпринятое им издание Атласа Всероссийской империи, равно как и его произведение «Цветущее состояние Всероссийского государства», имевшие большое значение для его современников, не утратили и для нас своей ценности как замечательные памятники русской культуры первой половины XVIII в. Преждевременная смерть помешала И. К. Кирилову осуществить его широкие планы, но и того, что он сделал, достаточно, чтобы его имя стало известным для каждого, интересующегося славным прошлым нашей великой Родины.