Значительную площадь - 155,5 км2, что составляет 15,3 % всей территории Национального парка, занимают ледники и снега: 93 ледника в верховьях реки Баксан площадью 99,1 км2, включая ледники Эльбруса в границах парка, и 8 ледников в верховьях реки Малки площадью 56,4 км2.

Изучение ледников Приэльбрусья началось в середине XIX в. Этому способствовали экспедиции Российской академии наук, Географического общества, Корпуса военных топографов и освоение района иностранными альпинистами с гляциологическими наблюдениями и описаниями. В начале XX в. по результатам съемок Корпуса военных топографов была составлена одноверстная карта Кавказа, а по ней создан первый каталог ледников.

Начиная с 30-х гг. на отдельных ледниках (Башкаре, Шхельде, ледниках Эльбруса) предпринимаются наблюдения, проводимые Кавказской ледниковой экспедицией, Харьковскими университетом и педагогическим институтом. В 1934 г. в Терсколе начала работу Эльбрусская комплексая экспедиция Академии наук СССР. Район Приэльбрусья привлек внимание ученых разных специальностей как прекрасная естественная лаборатория с широким спектром самых разнообразных природных условий. Здесь стали проводить исследования по атмосферной оптике и космическим лучам, физике снега, льда и облаков, высокогорной биологии и медицине. Вторым рождением экспедиции принято считать 1948 г., когда по инициативе академика Е. К. Федорова было принято решение о возобновлении ее работы.

В 1961 г. на базе Эльбрусской экспедиции был организован Высокогорный геофизический институт, лаборатории которого располагаются в пос. Терскол, на пиках Чегет и Терскол, в Адыл-Су. В 1964 г. открыта Эльбрусская учебно-научная станция географического факультета Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова. Уже начиная с 1956 г. баксанские ледники становятся объектом изучения гляциологов МГУ, ВГИ и других научных учреждений.

Большинство современных ледников на Кавказе не являются остатками древнего оледенения, а возникли после полного исчезновения снега и льда в тех вместилищах, которые вновь были заполнены снегом в XIII и XIV вв. Начиная с 20-х гг. XX в. значительно повысились среднегодовые температуры. В настоящее время ледники интенсивно отступают со скоростью 3 м в год. За 80-летний интервал времени в верховьях Баксана полностью растаяло 9 ледников. Это в основном небольшие ледники в отрогах Бокового хребта. Общая площадь оледенения Кавказа в конце XIX столетия составляла 1967 км2, в настоящее время - 1455 км2.