Неутомимый путешественник, едва закончив обработку материалов четвертого путешествия, мечтает о новом — пятом — путешествии. Но 20 октября 1888 г. великого путешественника не стало. На охоте за фазанами близ Пишпека он заразился брюшным тифом. Умирая, Пржевальский просил похоронить его на берегу Иссык-куля, где высится теперь величавый памятник, увенчанный бронзовым орлом, стоящим на карте Азии. В клюве его оливковая ветвь — эмблема мирных завоеваний науки. «В русском народном творчестве сказочный русский богатырь желает быть похороненным на перепутье, как бы указывая своей могилой на дальнейшие пути тем русским богатырям, которые пойдут вслед за ним», — писал П. П. Семенов. Исследования Н. М. Пржевальского произвели несомненный переворот в современной ему науке. Только работы Н. М. сорвали покров таинственности, облекавший Центральную Азию. На месте огромных «белых пятен» на картах Азии в результате работ Н. М. появились колоссальные снежные хребты и плоскогорья. Его путешествия заставили забыть ложные представления о Гоби как о море песков, как пришлось забыть и сетку взаимно перпендикулярных хребтов Центральной Азии, рисовавшуюся до его путешествий. Метеорологические наблюдения, проводимые Н. М. с удивительной точностью, не устарели и поныне. На их основе крупнейший русский климатолог А. И. Воейков произвел анализ климата Центральной и Внутренней Азии. Среди огромных ботанических коллекций Пржевальского более 200 новых форм растений, что дало возможность придти к важнейшим выводам об истории развития растительности Азии. Для зоологии, которую великий путешественник особенно любил, он сделал исключительно много.

«Окиньте взглядом, — писал Ю. М. Шокальский, — все сделанное Н. М. Пржевальским, и он встанет перед вами во весь богатырский рост, поразит и увлечет вас громадной совокупностью своих искренних стремлений открыть науке истинную картину природы Центральной Азии».