Ожидая прибытия Вологодского полка, И. К. Кирилов деятельно готовился к предстоящему походу на р. Орь: заключал договора на поставку провианта и закупал лошадей. Для облегчения подвоза провианта из сибирских слобод в новый город он построил при впадении р. Урледы в Яик Верхне-Яицкую пристань и крепость, снабдил ее провиантом, артиллерией и артиллерийскими припасами, направил туда «адмиралтейских служителей для делания судов» и т. д. Воспользовавшись приездом в Уфу в начале 1735 г. индийского купца Маравия Бараева и ташкентских купцов, Кирилов повел с ними переговоры об установлении непосредственных торговых связей между Ташкентом, Индией и Россией и заручился их согласием на присылку в следующем году караванов в новый город Оренбург.
Подготовляясь к походу на р. Орь и к сооружению города-крепости, предназначенного для защиты внешней границы Башкирии, Кирилов не забывал об обеспечении безопасности русского населения внутри страны. Исходя из соображений, что Уфа, Бирск и Мензелинск в случае нападения башкир, «ежели в них не будет надежных войск», помощи получить ни откуда не смогут, он представил в начале 1735 г. в Сенат проект «О учреждении драгунских лантмилицских рот».
Кроме обеспечения безопасности русского населения внутри Башкирии, большую роль в проекте Кирилова играл вопрос о распространении в Башкирии землепашества.
Основным занятием башкир было кочевое и полукочевое скотоводство, земледелием же занималась лишь незначительная часть населения, поэтому своего хлеба едва хватало для местного населения и то не всегда. Подвоз же его как из Казанской губрении, так и из Зауральских русских слобод был сопряжен с большими трудностями. В связи с этим вопрос об организации производства хлеба в самой Башкирии приобретал первостепенное значение. Учреждение «лантмилицских рот» было первым шагом в направлении его решения.
Основным занятием ландмилиционеров, по мысли И. К. Кирилова, должно было быть хлебопашество. Для этого в проекте рекомендовалось драгунам ландмилидии «для не бедного пропитания» выделить по двадцать и более четвертей земли на каждого. Только раз в неделю, по субботам, ландмилиционеры обязаны были обучаться «экзертидиям», т. е. военному делу, а по воскресеньям присутствовать на богослужении. Все остальные дни недели они могли работать на себя. Кирилов предлагал также и офицерам «по препорции их рангов» выдать, но только на время их службы в ландмилидии, особые участки земли и угодья. 20 апреля 1735 г. Сенат одобрил предложенные Кириловым мероприятия, но, опасаясь, что они могут встретить протест со стороны башкир, рекомендовал «те роты ему, статскому советнику, учреждать и селить, и строить, смотря по тамошним обстоятельствам».
В бытность свою в Уфе И. К. Кирилов, пользуясь предоставленными ему полномочиями, постарался навести некоторый порядок в судебно-административной деятельности местного начальства. Прежде всего он закончил начатую еще до него перепись тептярей и составил список башкирских родов по волостям и дорогам. Затем принял меры к удалению из Башкирии некоторой части пришлого населения (татар, чувашей, черемисов, мордвы, вотяков, беглых крестьян, солдат и раскольников) и в первую очередь тех из них, которые были уличены в кражах, убийствах и всякого рода преступлениях и своим поведением давали повод к недовольству башкир. Кириловым были приняты меры к упорядочению местного судопроизводства, к изжитию волокиты и лихоимства и проведен целый ряд других мероприятий, направленных к улучшению условий жизни местного населения.
По словам П. И. Рычкова, И. К. Кирилов принимал энергичные меры и «ко умножению уфимских прибылых доходов» [39, стр. 116], которые шли на содержание Оренбургской экспедиции. В частности, он упорядочил таможенный сбор, составил новый, более соответствующий местным условиям тариф, представил в Сенат подробный, разработанный до мельчайших деталей проект «О учреждении почты» на перегонах: Москва—Нижний-Новгород—Казань—Уфа, в котором предусмотрел расстояние между городами, количество станов, ямщиков, лошадей, стоимость их содержания, оплату за пересылку писем и посылок, время, потребное на провоз почты от стана до стана, порядок отправки почты, ее регистрации и т. д.
Весть о прибытии в Уфу Оренбургской экспедиции и о задачах, которые были поставлены перед ней, быстро распространилась в Башкирии. Намерение царского правительства построить город в тылу Башкирии вызвало сильное недовольство среди башкирских старшин-феодалов, которые стали подготовлять восстание.
К И. К. Кирилову отовсюду стали поступать тревожные сведения о небывалых съездах и совещаниях у башкир и о подготовляющемся восстании. Однако твердо уверенный в пользе и необходимости проводимых им мероприятий, он продолжал неизменно доносить в Петербург, что «башкиры всеми чинимыми» им распоряжениями и учреждениями «весьма довольны и живут весьма спокойно» [39, стр. 119].
