По прибытии в Самару Кирилов занялся устройством дел по переводу сюда своей экспедиции и с этой целью в октябре предпринял поездку в Симбирск, где находилась в это время его канцелярия и временно проживали участники экспедиции. Из Симбирска, согласно полученному предписанию, он направился в Мензелинск для совещания с назначенным вместо А. И. Румянцева бригадиром М. С. Хрущевым о мерах к скорейшему подавлению восстания. Выработанный ими в декабре план действий был утвержден в Петербурге.
В начале января И. К. Кирилов возвратился в Самару, куда в этом же месяце прибыли из Симбирска его канцелярия и участники экспедиции. В Самаре он занялся подготовкой к весеннему походу в Оренбург. Он заключал договора с купцами и подрядчиками на поставку провианта, вербовал охотников для поселения на новой линии укреплений, хлопотал о снаряжении купеческого каравана в Индию и т. д.
Донося о положении дел в Башкирии, Кирилов 26 января писал, что, страдая от голода и холода, башкиры уже «не в состоянии собою какое знатное злодейство зачать, разве малое воровство и обман оплошным» [52, стр. 20].
И в самом деле, начавшийся с наступлением зимы голодный мор среди людей и падеж лошадей от бескормицы обессилили башкир до последней крайности. Даже Кирилов, сторонник суровых и беспощадных мер по отношению к восставшим, ознаменовал конец своей жизни и деятельности в Башкирии рядом мероприятий, которые свидетельствуют о его стремлении прийти в какой-то мере на помощь башкирскому народу и облегчить его тяжелую участь. К числу таких мероприятий прежде всего относится противодействие Кирилова проведению в жизнь указа Сената от 10 января 1737 г. о наряде на военную службу 3000 «лучших и вооруженных башкир» и о посылке их на турецкий фронт. Этот указ был издан по представлению А. И. Румянцева, а мысль о его издании подал В. Н. Татищев, который надеялся таким путем ослабить силы башкир. Однако проведение в жизнь этого мероприятия указом от 14 марта 1737 г. было предоставлено на усмотрение Кирилова, который высказался против посылки башкир на турецкий фронт, считая, что это подаст повод к новым «замешаниям» и, следовательно, русские «войска принуждены будут у них, башкирцев, стоять без выводу» [20, стр. 100].
Мнение Кирилова было принято во внимание, и башкиры не были посланы на военную службу. «Понеже, — говорилось в указе 7 мая 1737 г. В. Н. Татищеву, — присланным пред сим статский советник Кирилов экстрактом объявил о наряде башкирцев на службу многия затруднения, на который посланным к нему нашим указом повелели мы ежели того ныне за благо не признавается, то с общего рассуждения оной наряд отложить и стараться другою дорогою коренное и основательное тем делам окончание учинить, чтоб впредь те бунтовщики в должном послушании были» [43, т. 117, стр. 275].
В марте 1737 г. И. К. Кирилов вошел в правительство с предложением об отмене ввиду разорения башкир и испытываемого ими крайнего голода указа о взимании с них штрафных лошадей. 14 апреля 1737 г. от имени Кирилова был отправлен Татищеву «универсал», который Кирилов был намерен объявить башкирам и по поводу которого желал знать мнение Татищева. Кирилов предлагал штрафа с башкир не спрашивать и на службу их не наряжать, «а жито на семена им продавать допустить». Однако Татищев нашел, что вдруг оказать «такую милость» башкирам «не полезно, ибо воры могут возмнить, что то учинено за страх, и впредь более упрямиться причину иметь будут». По-видимому, В. Н. Татищеву не очень нравилась эта проявляемая Кириловым по отношению к башкирам мягкость, и он упрекал его за то, что тот «весьма много оным ворам в указах послабил». Против продажи башкирам хлеба на семена он не возражал. Впрочем, не ожидая ответа Татищева, Кирилов отдал распоряжение привлекать башкир к работам на строительство медеплавильных заводов в Табынске и на р. Ике и платить им за работу хлебом.
Поимкой в начале 1737 г. Кильмяка-абыза и других главарей восстания закончился первый этап борьбы, начатый башкирскими феодалами с царским правительством. Поднятое в качестве протеста против постройки Оренбурга и других крепостей на территории Башкирии оно не увенчалось успехом. Несмотря на отчаянное сопротивление, крепости были построены.
Однако Кирилов глубоко ошибался, заверяя царское правительство, что башкиры приведены уже в такое состояние, что не в силах больше сопротивляться. Борьба не прекратилась. Подавление восстания вызвало озлобление башкир. Весной 1737 г. восстание возобновилось с новой силой, но это произошло уж после смерти Кирилова, умершего от туберкулеза в г. Самаре 14 апреля 1737 г.
