По прибытии в Мензелинск Румянцев разослал воззвания к башкирам, приглашая их прекратить «замешания» и принести повинную, в результате чего в ноябре к нему действительно явились многие влиятельные башкирские старшины, которым было дано прощение, и они были отпущены по домам.

Действия Румянцева получили одобрение в Петербурге, и ему было предписано вместе с Кириловым представить проект мероприятий для окончательного усмирения Башкирии. В ноябре Кирилов прибыл в Мензелинск, где находился в это время Румянцев, и в конце 1735 г. привез составленный ими проект в Петербург. Проект получил одобрение и был положен в основу, по всей вероятности, Кириловым же написанного и изданного 11 февраля 1736 г. указа.

В целях укрепления внутренней и внешней обороноспособности в указ был внесен ряд пунктов, предусматривавших строительство новых и восстановление и укрепление старых городков и крепостей и увеличение крепостных гарнизонов.

В указе были предусмотрены мероприятия, открывавшие широкий простор для заселения Башкирии русскими и экономического освоения ее природных ресурсов. Особенно большое значение в этом отношении имел пункт 15 указа, отменявший существовавшее до 1736 г. запрещение покупать и продавать принадлежавшие башкирам земли и угодья. С отменой этого запрещения русское дворянство, а также мишари получили возможность приобретать и «крепить за собой» башкирские земли.

Для скорейшего заселения края предлагалось поселить при Оренбурге и других городах до 500 охотников из яицких казаков, до 1000 человек казачьих и дворянских детей «из сибирских ближних городов» и из уфимских служилых мишарей. Поселенцам предписывалось дать на строение домов денежное жалованье, а под их селения и под пашни отвести земли и прочие угодья. Кроме того, для умножения «в тех новых местах русских людей» было разрешено вместо Сибири направлять ссыльных к Кирилову для поселения и определения одних в нерегулярную службу, других на пашню и третьих в шахты.

На Кирилова возлагалась обязанность построить в Башкирии три завода. При строительстве заводов и разработке рудных месторождений рекомендовалось: «ежели с башкирцами дела не будет», привлечь находившихся в «команде Кирилова» драгун и солдат на условии сдельной оплаты их труда. Наконец, силами тех же драгун и солдат предлагалось, «когда время допустит, тогда в тамошних местах заводить пашню».

Несколько приутихшие с приездом А. И. Румянцева волнения в Башкирии возобновились с новой силой в конце 1735 г. Потерпев неудачу при попытке помешать строительству Оренбурга, башкиры старались всячески вредить новому городу, нарушая и затрудняя нормальный ход его жизни. Они производили систематические набеги на обозы с провиантом и одеждой, направляемые в Оренбург. Так, башкиры Сибирской дороги напали на обоз с продовольствием, отправленный А. И. Тевкелевым в ноябре из Течинской слободы в Оренбург и заставили его вернуться обратно. Задержка в своевременной доставке продовольствия в г. Оренбург имела своим следствием голод и гибель нескольких сот солдат Оренбургского гарнизона [20, стр. 49].

Известие о возобновлении башкирских нападений на русские крепости и обозы, полученное Кириловым в начале 1736 г. в Петербурге, заставило его срочно выехать в Уфу. Заехав по пути из Петербурга в Мензелинск для согласования с А. И. Румянцевым дальнейшего плана действий, Кирилов И марта прибыл в Уфу. Отправив Тевкелева на выручку задержанного башкирами обоза, он в соответствии с намеченным в Мензелинске планом выступил 24 марта со своим отрядом в направлении к Табынску, однако, заболев, в начале мая вернулся в Уфу.

Оправившись от болезни, Кирилов стал готовиться к новому походу в Оренбург и попутно к переводу канцелярии и штата своей экспедиции из Уфы в Самару.

Считая строительство Оренбурга и линии укрепленных пунктов по внешней границе Башкирии вернейшим и надежнейшим средством для установления спокойствия там и в то же время сильно озабоченный судьбой Оренбурга, оставшегося по вине башкир без продовольствия, И. К. Кирилов воспользовался первой возможностью, чтобы выступить в поход. Он намеревался отправиться в Оренбург еще ранней весной 1736 г., но в силу сложившейся в Башкирии обстановки вынужден был отложить свой поход до июня.

22 мая Кирилов погрузил на суда личный состав экспедиции и свою канцелярию и отправил их под начальством П. С. Бахметева в Симбирск (Ульяновск). Оставив канцелярию в Симбирске, Бахметев должен был со своим отрядом следовать дальше в Самару, чтобы начать строительство укрепленных пунктов по р. Самаре. Выполняя это распоряжение Кирилова, П. С. Бахметев в начале августа заложил две крепости, Красносамарскую и Красноборскую, и в этой последней остался ожидать прибытия Кирилова.